Plateforme BICS - Bio-statistiques, informatique et systèmes complexes

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La plate-forme BICS (Bio-statistics, Informatics and Complex Systems) du laboratoire ICube (UMR 7357) propose l'accès à des équipements de calcul de pointe et à l'expertise technologique et scientifique correspondante pour le développement et mise à disposition de ressources (logiciels, bases de données…) informatiques. Elle représente un point d'entrée unique pour les services liés à la bioinformatique, la fouille de données et les analyses statistiques, ou à la modélisation et optimisation de systèmes complexes développés par les équipes de recherche d'ICube. Cet ensemble de prestations est applicable à tous thématiques, et plus particulièrement en sciences du vivant.

La plate-forme BICS de ICube est partenaire de la plate-forme bioinformatique de Strasbourg, BISTRO, regroupant des équipes de GMGM, IBMC, IBMP, IGBMC, ICube, IPHC et LGM, ayant une expertise, des outils et des ressources bioinformatiques, axés sur des analyses évolutives et fonctionnelles dans divers domaines d'application, y compris les études biomédicales, les plantes, les levures et les bactéries.

La plate-forme BICS comporte 4 axes thématiques

  • Bio-analyse et bio-statistique - responsable: Laetitia Poidevin
  • CS biologiques – responsable: Luc Moulinier
  • Service Infrastructure – responsable: Arnaud Kress
  • Ecosystèmes 4P sécurisés: éducation, santé, calcul – responsable: Pierre Parrend

La plate-forme BICS met à disposition de ses utilisateurs des expertises scientifiques, des expertises techniques, ainsi qu’un ensemble de services, de logiciels, de matériels. Elle propose des formations pour les professionnels en poste.

Partenaires académiques français :

  • Institut Français de Bioinformatique (IFB)

Partenaires académiques internationaux :

  • Consortium Elixir (European distributed infrastructure for life-science information)
  • Unitwin UNESCO Complex Systems Digital Campus


Services BICS-Data

La plate-forme BICS vous accompagne désormais dans la mise en oeuvre de vos projets Data:

  • Analyse de génomes et -omics (transcriptome, RNAsec, protéome) : génomique comparative; statistique; optimisation multi-critère
  • Intégration des données (rôle de ‘data stewart’), en particulier dans la phase de pré-traitement (annotation) qui s'avère un point critique dans les projets d'analyse et une compétence clé de la plate-forme BICS, en complémentarité avec les autres plates-formes et équipes de recherche du laboratoire ICube
  • Caractérisation de la qualité des données, en vue d'analyse automatisée
  • Protection des données: compatibilité des traitements avec la RGPD; sécurisation du flux de traitement

Sciences des données et Intelligence Artificielle

La plateforme BICS (Bio-statistics , Informatics and Complex Systems) fournit un guichet unique tout au long de la chaîne de traitement des données numériques biomédicales : de la gestion de ces données (préparation, nettoyage, structuration, protection) à leur exploitation (analyses statistiques et algorithmes). Elle offre un accès privilégié à des solutions de calcul et de stockage de données, et aux bases de données scientifiques associées.

  • Préparation
  • Nettoyage
  • Structuration
  • Sécurisation et contrôle d’accès à ces données (applications conformes au RGPD)
  • Gestion de cohortes médicales robustes, sécurisées et anonymisées
  • Analyses statistiques
  • Approches d’intelligence artificielle bio-inspirée
  • Fouille de données relationnelles

La plate-forme BICS met à disposition de ses utilisateurs des expertises scientifiques, des expertises techniques, ainsi qu’un ensemble de services, de logiciels, et de matériels.

Expertise technique

  • Analyses bio-statistiques standardisées et avec développement logiciel
  • Préparation et stockage de données
  • Conception et développement d’algorithmes sur cartes graphiques
  • Conception et optimisation de processus industriels & logistiques
  • Sécurité des applications et des données médicales

Expertise scientifique

  • Méthodes statistiques pour la bioinformatique
  • Développement et mise à disposition : bases de données, algorithmes de détection d’anomalies & d’optimisation
  • Méthodes pour la fouille de données
  • Modélisation et représentations des données et connaissances
  • Intelligence artificielle, raisonnement et apprentissage artificiel
  • Méthodes bayésiennes pour la biostatistique
  • Analyse interactive de données avec hébergement de calculs et exécution en ligne
  • Support aux utilisateurs
  • Formations aux professionnels

Point contact

Responsable scientifique :
Pierre Parrend

Responsable technique:
Arnaud Kress

Domaines scientifiques :

  • Développement et mise à disposition de ressources (logiciels, bases de données…) informatiques